La storia racconta che la partecipazione diretta dei baroni di Novi alle vicende del Regno di Napoli comportò la disattenzione per la cittadina e per i suoi abitanti, con conseguente abbandono dei luoghi, spopolamento e carestie. Nonostante questo, tra il Seicento e il Settecento, diversi vescovi di Capaccio e di Vallo elessero Novi a sede vescovile: di alcuni si conservano le sepolture nella chiesa parrocchiale di Santa Maria dei Lombardi. Nel 1614 lo Stato di Novi fu venduto a Giacomo Zattara, di famiglia di origine genovese. Nel 1759 gli Zattara costruirono il palazzo baronale e si stabilirono in Novi, mantenendo la residenza anche dopo la legge eversiva della feudalità.
Dal 1811 al 1860 ha fatto parte del circondario di Vallo, appartenente all’omonimo distretto del Regno delle Due Sicilie. Dal 1860, in seguito all’unificazione dell’Italia, l’insediamento assunse il nome di Novi Velia, per il fatto che si ritiene che l’attuale città corrisponda ad un nuovo insediamento (una “Nuova Vele”, appunto), fondato dai Velini. Dal 1860 al 1927, durante il Regno d’Italia, ha fatto parte del mandamento di Vallo della Lucania, appartenente all’omonimo circondario.